Η ΕΚΤΕΡ έχει αναπτύξει και διατηρεί Σύστημα Διασφάλισης Ποιότητας από τον Απρίλιο 1999 και διαθέτει σήμερα τις κάτωθι πιστοποιήσεις:
- ISO 9001:2015 Διαχείριση Ποιότητας
- ISO 14001:2015 Διαχείριση Περιβάλλοντος
- ISO 22301:2012 Διαχείριση Επιχειρησιακής Συνέχειας
- ISO 27001:2013 Ασφάλεια Πληροφοριών
- ISO 37001:2016 Διαχείριση κατά της Δωροδοκίας
- ISO 39001:2021 Οδική μεταφορά προσωπικού και εξοπλισμού
- ISO 45001:2018 Διαχείριση Yγείας και Ασφάλειας στην Εργασία
- ISO 50001:2018 Διαχείριση Ενέργειας